Bei der Diagnostik von Autoimmunerkrankungen werden neben allgemeinen Entzündungsparametern auch gezielt Autoantikörper (AAk) bestimmt. Es ist ratsam, diese AAk immer unter klinisch-diagnostischen Gesichtspunkten, beispielsweise in Bezug auf die betroffenen Organe, zu bestimmen. Bei einigen Autoimmunerkrankungen kann auch die Bestimmung von bestimmten HLA-Allelen für die Differentialdiagnose nützlich sein.

Autoantikörper sind für die Diagnose von Autoimmunerkrankungen von großer Bedeutung, da sie vielfältige klinische Relevanz haben. Sie können sowohl diagnostisch als auch prädiktiv, prognostisch und als Marker für Aktivität eingesetzt werden.